Muito antes que a disputa tivesse sido resolvida muitos pesquisadores tinham trabalhado sob a hipótese atômica. Svante Arrhenius tinha pesquisado a estrutura interna dos átomos propondo a sua teoria da ionização. O seu trabalho foi seguido por Ernest Rutherford, quem abriu as portas ao desenvolvimento dos primeiros modelos de átomos que desembocariam no modelo atômico de Niels Bohr. Na atualidade o estudo da estrutura do átomo considera-se um ramo da física e não da química.
Cronologia dos Modelos Atômicos
Primeiro Modelo criado foi o de Dalton', em meados de 1803;
átomos vistos como esferas minúsculas, rígidas e indestrutíveis.
O segundo modelo criado foi o de J.J. Thomson, em meados de 1817;
Neste modelo, o átomo é composto de elétrons embebidos numa sopa de carga positiva, como as passas num pudim.
O terceiro modelo criado foi o de Rutherford, entre 1911 e 1919 (data não confirmada);

modelo atômico de Rutherford, também conhecido como modelo planetário do átomo.
O quarto a ser criado foi o de Bohr (o mesmo que corrigiu o erro do modelo de Rutherford), entre 1920 e 1922 (data não confirmada, sabe-se que foi criado logo após o terceiro modelo).
O modelo de Bohr representa os níveis atómicos de energia, como níveis discretos de energia, em analogia com as órbitas dos planetas em torno do Sol, isto é, cada eletrón descreve uma órbita própria e bem definida, a que corresponde uma distância bem definida relativamente ao núcleo atómico, e, consequentemente, um valor bem definido de energia.
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